公司间发生合同纠纷，法律程序应按照下列步骤来走：先向起诉或者向仲裁机构申请仲裁；然后由上述机构决定是否受理；决定受理的，再进行调解或者依法作出裁判；最后由当事人依法履行生效的裁决；如果一方拒不履行的，另一方可以申请强制执行。
【法律依据】
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十条
起诉应当向人民递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
第一百二十二条
当事人起诉到人民的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
第二百三十六条
发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。
第二百四十二条
被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。