建设工程施工合同可以约定仲裁。合同中存在的如仲裁条款等有关解决争议方法的条款，不因合同解除而失效，在双方未对仲裁条款进行变更情况下应认定有效。
一、仲裁程序的适用范围
根据《仲裁法》的规定，有两类纠纷不能仲裁：
（1）婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷不能仲裁。这类纠纷虽然属于民事纠纷，也不同程度涉及财产权益争议，但这类纠纷往往涉及当事人本人不能自由处分的身份关系，需要作出判决或由机关作出决定，不属仲裁机构的管辖范围。
（2）行政争议不能仲裁。行政争议，亦称行政纠纷，行政纠纷是指国家行政机关之间，或者国家行政机关与企事业单位，社会团体以及公民之间，由于行政管理而引起的争议。外国法律规定这类纠纷应当依法通过行政复议或行政诉讼解决。
《仲裁法》还规定：劳动争议和农业集体经济组织的内部的农业承包合同纠纷的仲裁，由国家另行规定，也就是说解决这类纠纷不适用《仲裁法》。这是因为，劳动争议，农业集体经济组织内部的农业承包合同纠纷虽然可以仲裁，但它不同于一般的民事经济纠纷，因此只能另作规定予以调整。
二、仲裁申请程序
仲裁申请是仲裁机构受理案件的前提。仲裁的申请是指一方当事人依据仲裁协议将协议中约定的争议书面提交给仲裁协议中规定的仲裁机构，请求对争议进行仲裁。仲裁申请须具备下列步骤：
（一）提交仲裁申请书
仲裁申请的提交必须以书面形式进行，各国仲裁立法都对此作了明确的规定。各仲裁机构对仲裁申请书内容的要求不尽一致，通常的标准应包括如下几方面的内容：申请人和被申请人的名称和地址；请求仲裁事项、请求的理由及依据；指定的仲裁员；由申请人或其授权的代理人的签字、盖章；附上有关的书面证据材料。
通常仲裁申请书具体应列明下列事项：
1、申请人和被申请人的名称和住所（如有邮政编码、电话、电传、传真、电报号码或其他电子通讯方式，也应写明）；
2、申请人所依据的仲裁协议；
3、案情和争议要点；
4、申请人的请求及所依据的事实和理由。
如申请仲裁时已委托了代理律师的，则应提交授权委托书。委托书应写明代理律师的权限及期限。
（二）预缴仲裁费，这也是申请仲裁的必须程序
申请人提交仲裁申请书后，仲裁机构会根据其仲裁请求金额计算出应缴的仲裁费用，申请人则必须预缴该费用，否则仲裁机构将不会受理。
提交了仲裁申请书并预缴了费用，仲裁机构应将立案并发出仲裁通知。仲裁程序开始了。